Todo comenzó en el año de 1839, cuando se decidió suprimir algunos monasterios de Pasto, ciudad capital de la provincia del sur que limitaba con el Ecuador, disposición que fue emitida por medio de la Ley de 1821 en concordancia con la ley canónica que establecía que cualquier monasterio con menos de ocho religiosos sería suprimido y sus bienes destinados a fines similares. Esta medida estaba apoyada por la jerarquía eclesiástica debido, en gran parte, a la necesidad de suprimir los conventos, que otrora habían pertenecido a la Arquidiócesis de Quito, situación propicia para solidificar las fronteras tanto civiles como eclesiásticas. Los pastusos eran el grupo social más tradicional en Colombia y frente a este hecho la guerra de los conventos estalló.
Para apaciguar este enfrentamiento, Monseñor Mosquera ordenó que ningún prelado participara en la revolución y en caso contrario sería suspendido. De igual modo, informó a los pastusos que gran parte de los bienes de los conventos que habían sido suprimidos se destinarían al seminario diocesano. Pero las explicaciones no fueron escuchadas y se aprovechó la coyuntura política para atacar el gobierno de Márquez, apoyado por los independentistas José María Obando y Tomás Cipriano de Mosquera; el primero candidato presidencial de los liberales, de este modo, lo confirmaba como un caudillo entre los pastusos, sedición que fue aplacada por el general Pedro Alcántara Herrán en Buesaco en agosto de 1839. Esta discordia donde participó activamente la iglesia neogranadina, provocó una guerra civil. Si la rebelión de los conventos hubiera terminado en Buesaco, ni el Arzobispo Mosquera ni la Iglesia se hubieran visto comprometidos. “Infortunadamente para Mosquera, para la Iglesia y para Colombia, la rebelión condujo rápidamente a una guerra civil, la Guerra de los Supremos”. A pesar de éste hecho, el Arzobispo Mosquera condenó este hecho violento y procuraba la cordialidad entre los granadinos y la sumisión a las leyes constitucionales por medio de pastorales, pero no pudo apaciguar los ánimos de los rebeldes. Así pues:
El Arzobispo Mosquera no había sido un mero espectador de la amenaza de la guerra civil. El 23 de febrero de 1840, hizo publicar una pastoral condenando a aquellos que habían utilizado la religión como medio de violencia. Para Mosquera, la verdadera instrucción religiosa enseñaba la obediencia a la autoridad civil debidamente constituida. Esta interpretación de las enseñanzas de la Iglesia, lo llevó a condenar las rebeliones en general, y la Guerra de los Supremos en particular. Esto coincidía con su creencia de que el orden era un requisito indispensable para el progreso.
Otra versión que confirma lo sucedido en la Guerra de los Supremos, la expone Gonzalo Sánchez Zuleta. Por petición del Señor Obispo de Popayán, Salvador Jiménez de Enciso, se aprobó la medida del Congreso de 1839 que dictó una ley donde suprimía cuatro conventos en la ciudad de Pasto, destinando la mitad de los bienes al fomento de las misiones de Mocoa y la otra mitad al fomento de la educación de la provincia de Pasto, pero al momento de ejecutarla el pueblo se sublevó. El Arzobispo de Bogotá agotó todos los medios para evitar males mayores y a través de pastorales como la expedida el 23 de febrero de 1840, “Pastoral sobre la sumisión y obediencia a la potestad civil”, expuso la obligación de acatar y respetar al gobierno legítimamente constituido, condenando a quien tomara las armas para oponerse al gobierno que presidía el doctor Márquez utilizando la fuerza y la revolución.
Monseñor Mosquera siempre estuvo dispuesto a mantener una relación cordial y amistosa con el poder civil, actitud de acatamiento que le profesaba al Estado manteniendo una política de solidaridad, como en el episodio ocurrido en la Guerra de los Supremos. Relaciones que poco a poco entrarían en contradicción con el devenir histórico propio de las naciones y que conllevarían a tiempos conflictivos de carácter político y religioso que, con los años, se fueron agravando a partir de las leyes promulgadas contra la Iglesia, como la ley de desamortización, ocurrida en el año de 1861, la inspección de cultos, y otras que trajeron una discordia entre la Iglesia y el Estado de la Nueva Granada hasta la consolidación del Concordato en 1887.
