La ciudad es una de las más antiguas de Colombia, y tuvo, de acuerdo a las investigaciones, cuatro fundaciones en diferentes lugares y fechas.
La Primera Fundación (fecha en investigación) fue ordenada por el gobernador Sebastián de Belalcázar, fundada con el nombre Buga La Vieja. Más adelante, la Segunda Fundación se realizó entre los años 1554-1555 ordenada por Pedro Fernández del Busto y ejecutada por Giraldo Gil de Estupiñán, recibiendo el nombre de: Nueva Jerez de los Caballeros; la ubicación era en las cabeceras del río Bugalagrande (corregimiento La Marina en Tuluá). Por su parte, la Tercera Fundación realizada entre los años 1557-1559 fue ordenada por el gobernador Luis de Guzmán y ejecutada por Rodrigo Díez de Fuenmayor, y recibió el nombre de Guadalajara de Buga; la ubicación fue en el Valle de Tunessi – Páramo de Pan de Azúcar. Luego, el traslado de fundación se hizo el 4 de marzo de 1570, ordenado y ejecutado por el gobernador Álvaro de Mendoza y Carvajal, bautizándole Guadalajara de Nuestra Señora de la Victoria de Buga. Y finalmente el traslado definitivo fue en 1573 al sitio que hoy ocupa, ordenado por el gobernador Jerónimo de Silva y ejecutado por Beltrán de Unzueta, recibiendo el nombre de Guadalajara de Buga.
Los vecinos de Guadalajara de Buga, dado las circunstancias anotadas y las pocas tierras aptas para actividades agropecuarias que tenían, pidieron a la alta autoridad el traslado de la población a tierras planas. Durante la época de la conquista sus tierras estaban pobladas por diversas y valientes tribus guerreras que ofrecieron resistencia a la invasión de sus tierras por parte de los conquistadores, estos guerreros se denominaban los “bugas”, de ahí proviene su actual nombre.
Fue reedificada en el territorio de los indios Quinamanoes en la región denominada “Babaya” que estaba situada en la parte montañosa, al pie del Cerro de Pan de Azúcar. En la segunda fundación, la ciudad recibió el nombre de “Guadalajara de Buga” y una tercera con el mismo nombre, para llegar posteriormente a capital de la provincia entre 1834 y 1887, año en que se organizó como Municipio; en 1908 fue capital del Departamento de Buga por veinte meses; siendo este el periodo más corto entre la creación de uno y otro departamento en el mismo territorio, hasta la creación del Departamento del Valle.
Se ignora la fecha exacta de su fundación que de todas maneras se realizó en 1555 siendo trasladada a la Cordillera y nuevamente al Valle. En 1569 el alcalde Ruy Báez de Sosa, ofreció sus tierras para trasladar la ciudad a orillas del río Guadalajara, la traslación tuvo lugar el 4 de marzo de 1570, siendo su primer Teniente Gobernador y de Justicia mayor, el Capitán Luis Velásquez; su primer alcalde, el Capitán Melchor Velásquez de Valdenebro.
